Строки кода и их значения:
boolean a[][] = new boolean[90][90];
Выделите массив и присвойте ему ссылку на a
boolean b[][] = new boolean[90][90];
Выделите второй массив и присвойте ему ссылку на b
a = b;
Назначить значение bs (ссылка на второй массив) a.
До а = б;
a ---------> First arrays memory space
b ---------> Second arrays memory space
После a = b;
a --- First arrays memory space
---
------>
b ------------> Second arrays memory space
Теперь вы потеряли первый массив навсегда