Если у вас есть JAR и вы знаете API, вы можете вызывать new для любого класса и запускать их, как если бы они были вашими.Я не уверен, что вы спрашиваете здесь.Конечно, main - это просто еще один метод класса, пусть и статический.
Вызов exec запускает программу в другом процессе, что дает вам определенные преимущества.При желании вы могли бы вызвать main в другом потоке.
Может быть, немного больше подробностей было бы хорошо.