Если у вас нет действительно странных зависимостей, он не скомпилирует все.Eclipse отслеживает классы, от которых зависит каждый класс.Если файл изменяется, он перекомпилирует классы в нем, и любые классы, которые зависят от них, и так далее.Поэтому часто сохранение одного файла приводит к компиляции только одного класса.