Трудно дать точный ответ, не зная, на какой ОС вы работаете.
Общий ответ будет состоять в том, чтобы изменить ваш модуль запуска (значок на рабочем столе), чтобы указать, что исходный рабочий каталог будет таким же, как тот, который вы используете при запуске команды из оболочки.