Обычно доступ из командной строки к серверам разработки осуществляется через ssh. Существуют различные ssh-клиенты Windows, прежде всего, putty. Существуют также ssh-туннели, которые могут работать через http.
Возможности решения ssh значительно больше, чем было бы доступно приложению веб-сервера.
Удаленный графический доступ часто осуществляется с использованием VNC, а в последнее время - RDP. В качестве предупреждения можно использовать локальный сервер Xserver для отображения приложений, работающих на сервере разработки.
Эти приложения могут предоставлять возможность редактировать файлы, для которых очень небезопасно предоставлять доступ для записи веб-приложения.
Веб-приложения, которые я видел, предоставляют значительно меньшую функциональность, чем доступно через вышеуказанные варианты. В ограниченных случаях, таких как файлы конфигурации, веб-приложение может предоставлять более простой интерфейс для стандартных изменений.