Существует шесть различных способов добавления изображений в теги. Выберите один из них, используя случайный:
var index = Math.floor(Math.random()*6);
var ids = [[1,2,3],[1,3,2],[2,1,3],[2,3,1],[3,1,2],[3,2,1]][index];
document.getElementById('img'+ids[0]).src = '1.jpg';
document.getElementById('img'+ids[1]).src = '2.jpg';
document.getElementById('img'+ids[2]).src = '3.jpg';