Если вы примените XmlElementAttribute к свойству коллекции ссылок, то XmlSerializer десериализует их в упорядоченную коллекцию для вас.
[XmlRoot(Namespace = "http://www.w3.org/2005/Atom")]
public class feed
{
[XmlElement("link")]
public link[] link { get; set; }
}
public class link
{
[XmlAttribute]
public string type { get; set; }
[XmlAttribute]
public string rel { get; set; }
[XmlAttribute]
public string href { get; set; }
}