Мне непонятно, в чем конкретно твой вопрос.Но да, Flex должен работать на сенсорных экранах и традиционных экранах с мышью и клавиатурой.
Вероятно, вам потребуются модификации проекта для каждой среды.Например, размер кнопки, позволяющей принять щелчок мышью, будет намного меньше, чем размер кнопки, принимаемой нажатием пальца.
Вы можете использовать проект библиотеки для обмена кодом между этими двумя проектами / интерфейсами.