Да, они будут. Вы можете предотвратить это, набрав это так
au! FilterWritePost * do_something2
! говорит автокоманде заменить любую другую автокоманду с той же сигнатурой FilterWritePost. Если вы запустите gvim, сначала запустится .vimrc, а затем .gvimrc, поэтому ваша автокоманда в .vimrc будет заменена версией в вашем .gvimrc