Лучше скачать его с помощью git, потому что это позволит вам получить ваши зависимости (dbal и common).
git clone git://github.com/doctrine/doctrine2.git doctrine2-orm
cd doctrine2-orm
git submodule update --init
Но настоящая проблема у вас в том, что вы передаете аргумент в orm: schema-tool: создайте там, где он не нужен. Похоже, что это поведение было изменено, что привело к устаревшей документации.
У меня работает следующее:
cd tools/sandbox
./doctrine orm:schema-tool:create
Какие выходы:
Creating database schema...
Database schema created successfully!