.metadata сохраняет настройки вашего рабочего пространства (не настройки проекта). Я не уверен, что именно он содержит, но я думаю, что он имеет множество настроек, касающихся ваших личных предпочтений или локальных для вашего ПК, поэтому не стоит добавлять его, если вы собираетесь работать в команде.
К сожалению, метаданные, относящиеся к проекту (в .project и .settings), представляют собой смесь локальных / личных данных и данных, которые одинаковы для всех, и их сложно разделить.