Ответ зависит от того, что вы на самом деле хотите.
Библиотека GTK встроена в среду Gnome: если вы хотите разработать приложение для Gnome, используйте GTK.
Если вы не очень заинтересованы в том, чтобы дать пользователям Gnome естественный вид, тогда используйте все, что захотите (GTK, Swing, Qt, wx ...).
Кстати, если вы хотите, чтобы мое личное мнение, я предпочитаю GTK. Мне лично не нравится Swing, особенно когда он пытается эмулировать внешний вид GTK.