В подобных ситуациях, когда я полагаюсь на сторонние продукты (SQL Server Express), я склонен использовать установки, запускаемые из командной строки (либо непосредственно в файле cmd, либо из «правильного» инструмента установки). Этот сайт показывает, как установить Express из командной строки, затем вы можете использовать утилиту SQL Express для создания объекта. Этот метод «благословлен» Microsoft.
Иногда самое простое решение является лучшим, даже если это означает, что пользователь моего продукта должен установить SQL Express отдельно перед запуском моей установки. Ну, лучше для меня, во всяком случае: -)