Одним из способов решения этой проблемы является присвоение имени переменной с помощью eval .
EDIT
Eval обычно не рекомендуется, так как его трудно отлаживать / поддерживать. Таким образом, вместо этого вы можете сначала создать структуру и использовать опцию *1001*-struct
для сохранения , например:
for case_no=1:length(n)
[q,S]=q_from_A(nModel,nModel_want,nCell,T,A{case_no},B{case_no},C{case_no},D{case_no},E{case_no},F{case_no});
%# create structure for saving
saveStruct = struct(q_cases{case_no},q,...
S_cases{case_no},S);
%# ... and save it
save(q_cases{case_no},'-struct','saveStruct',q_cases{case_no});
save(S_cases{case_no},'-struct','saveStruct',S_cases{case_no});
end