Цифровая подпись гарантирует только то, что имя «издатель в приглашении UAC» будет названо вместо «неизвестный издатель». Если вы используете MSI, вы можете попросить администратора установить его. Если он написан на WIX, то для элемента Product используйте атрибут InstallPrivileges = "elevated".
Вы можете прикрепить надлежащие привилегии повышения прав файла манифеста, чтобы избежать запроса UAC к setup.exe, если у вас есть загрузчик setup.exe для MSI.
Помните, что выполнение этих вещей имеет другие последствия.