Может быть полезно обновить конфигурацию log4j, чтобы конфигурация c3p0 выводилась в файл журнала. Просто установите для категории com.mchange.v2.c3p0 значение «информация». У меня большие трудности с получением файла конфигурации c3p0, поэтому, возможно, ваш файл тоже не читается.