В обоих случаях расширение файла php, "myfile.js.php" и "myfile.php" - оба расширения файла "php", так что это не проблема.
Вы определенно меняете физическое имя файла и атрибут src - или вы просто меняете физическое имя файла и забываете изменить тег сценария на ...
<script type="text/javascript" src="myfile.php"></script>
ОБНОВЛЕНИЕ : просмотр файла в действии ...
Если вы загляните внутрь myfile.php, к сценарию добавлен небольшой дополнительный элемент, поэтому он хорошо начинается ...
document.write('Test message');
Но тогда внутри файла скрипта есть блок скрипта, который добавляется ко всем файлам ...
<!-- Analytics Code -->
<script type="text/javascript" src="http://..."></script>
<noscript>....</noscript>
Именно этот аналитический код вызывает синтаксическую ошибку, поскольку она не может быть проанализирована механизмом JavaScript.