Вы можете попробовать отключить автоматическое построение глобально в меню Проект. Если вы сделаете это, проект Build ... и опции Build all станут активными, что позволит вам выполнить сборку вручную при необходимости.
Другим вариантом может быть установка политики обновления рабочей области вашей выполненной сборки ANT (если вы используете Eclipse AntRunner): в конфигурации «Выполнить» на вкладке обновления вы можете вручную выбрать только обновление проекта, измененного сборкой ANT. .