Вы должны использовать новые GUID только при изменении определения интерфейса. Если вы сохраните их прежними, ваш новый COM-сервер заменит существующего. И клиентский код, который его использует, не нужно перекомпилировать. Когда вы делаете их изменения, они могут жить бок о бок, но клиентский код должен быть явно перекомпилирован для использования нового.
Обратите внимание, что поддержка параллельной версии CLR в .NET 4.0 актуальна здесь. Ваш COM-сервер можно использовать в программе, которая связывает CLR .NET 4.0, даже если COM-сервер все еще связывает CLR 2.0. Технически вам не нужно его обновлять.