с помощью awk (например, удаление строки # 4)
awk -v uniq="#4" '$NF!~uniq' file > temp && mv temp file
в PHP вы можете выполнить итерацию файла и найти идентификатор с помощью регулярного выражения: "#\d+$"
, или вы можете разбить строку на пробеле и проверить, что последний элемент не соответствует указанному вами уникальному номеру.