Если у вас есть непрозрачный компонент, вы полностью отвечаете за рисование его содержимого.Система управления окнами или AWT НИЧЕГО не устанавливает фон в какое-то определенное состояние.
Так что, по крайней мере, вы должны сделать что-то вроде базового кода Canvas
g.clearRect(0, 0, width, height);
Что именно вы имеете в виду "прозрачный».Хотите посмотреть на рабочий стол?Вы хотите видеть панель позади вашего компонента (тогда, по крайней мере, он не должен быть «непрозрачным»).