Попробуйте это:
echo "987654321" | sed 's/\([0-9][0-9]\)\([0-9][0-9][0-9]\)\([0-9][0-9][0-9]\)\([0-9]\)/\1.\2.\3.\4/'
(выводит 98.765.432.1)
Затем для чтения ввода из файла:
sed 's/\([0-9][0-9]\)\([0-9][0-9][0-9]\)\([0-9][0-9][0-9]\)\([0-9]\)/\1.\2.\3.\4/' in.txt
и для записив новый файл:
sed 's/\([0-9][0-9]\)\([0-9][0-9][0-9]\)\([0-9][0-9][0-9]\)\([0-9]\)/\1.\2.\3.\4/' in.txt > out.txt
Полагаю, вы могли бы его уточнить, но это общая идея.