1) Время ожидания по умолчанию для команды ADO.Net для SQL Server составляет 30 секунд.Вы можете изменить это значение на более высокое (или 0, чтобы отключить тайм-ауты) для объекта SqlCOmmand.У SSMS нет тайм-аута при выполнении запросов.
2) Но может быть, что запрос имеет тайм-аут, потому что что-то еще блокирует его выполнение.В ожидании ответа со страницы asp.net вы можете запустить sp_who2 на SQL Server и проверить столбец Blk - если там есть запись со значением, отличным от SPID в той же строке, происходит некоторая блокировка.