Как ты это делаешь, или это вообще возможно?
Полагаю, вы можете возиться с getCanonicalWh независимо от оригинального пути, но это грязно, и мне это не нравится. Пожалуйста, укажите точную причину, если вы это предложите.
См. Статью Как работать с программными ссылками / символическими ссылками файловой системы в Java
Короче говоря, подождите до Java 7 или выполните небольшой метод JNI