Вы можете настроить генерацию сущности в своем файле persistence.xml, пример показан ниже.
Вносить изменения в соответствии с вашей средой.
<property name="toplink.ddl-generation"
value="drop-and-create-tables"/>
<!-- Generating derby specific sql -->
<property name="toplink.platform.class.name"
value="oracle.toplink.essentials.platform.database.DerbyPlatform"/>
Также, если вы используете EJB-3.x, нет необходимости делать запись сущностных компонентов в persistence.xml, вместо этого используйте аннотации.