Мой параноидальный ответ:
Отличная идея отключить Javascript. Я бы получил расширение, как Noscript для Firefox или Notscript для Chrome. Я регулярно использую эти Noscript, и с их помощью легко увидеть, откуда взялся Javascript.
Во-вторых, ваша идея с ВМ хороша, но сделайте еще один шаг и запустите Linux на этой ВМ. Linux может быть заражен, но редко можно увидеть что-то, что заразит Linux.
Регулярные выражения и анализаторы HTML также могут быть вашими друзьями. Сценарий что-то, что может сканировать файлы в поисках таких вещей, как теги сценария и особенно iframes. Таким образом, вы можете получить представление о файлах, которые были повреждены, и о том, куда они обращаются.
Еще одна менее вероятная ошибка - вредоносные исполняемые файлы или сценарии, замаскированные под нечто невинное, например JPEG, PDF и т. Д. Если вы загружаете и открываете файлы с этого компьютера, убедитесь, что они по крайней мере на вашей виртуальной машине без сетевого подключения.
Получить журналы сервера, если можете; возможно, ваш противник был неаккуратным и дал некоторую подсказку об их действиях. Возможно, запустите Wireshark на второй машине, чтобы искать вещи, вызывающие странные домены. Это может быть чрезмерно, но я нахожу это забавным упражнением. :)
Также такие вещи, как Virustotal и Threat Expert могут быть вашими друзьями, если вы считаете, что у вас есть вредоносный файл или вы видите вредоносную активность. Лучше быть параноиком, чем скомпрометированным.