Я не знаю ни одной ситуации, которая соответствует вашим причинам, которую нельзя контролировать в настройках HTTP-сервера, будь то Apache, IIS или что-то еще, что вы используете.
Полагаю, вы имеете в виду, что хотите разделить их на отдельные хосты, т.е. www1.domain.com www2.domain.com. И вы правы в том, что файлы cookie относятся к конкретному хосту / домену. Тем не менее, на самом деле нет никакой выгоды, если www1 и www2 все еще один и тот же компьютер. Если вы испытываете проблемы с загрузкой и разделяете ее между двумя разными серверами, это может принести некоторую выгоду.
Если вы на самом деле имеете в виду разные домены (www.domain1.com & www.domain2.com), я не уверен, какие преимущества вы бы искали ...