Привет =)
Модель должна отвечать за постоянство.
Если вы используете базу данных -> попробуйте шаблон Repository.
Если вам нужно сохранить файлы на диск напрямую -> просто создайте что-то вроде «MyFileSavingService», и заключите в себе всю логику сохранения файла на диск.
А потом, с вашего контроллера просто позвоните MyFileDavingService.SaveSomthingToSomewhere(bla,blabla);