Я могу изменить его вручную, применяя стили для различных элементов управления, созданные вручную ...
Зависит от того, насколько умным вы его разрабатывали.
Обычные элементы управления WPF имеютне смотреть вообще - для начала.Они используют NIHERITED STYLES, которые вы можете переопределить.Если вы переопределяете их вручную, как вы сказали, на различных элементах управления, вы в основном преднамеренно игнорируете наследование.Просто поместите новый каталог стилей в корень дерева наследования.