Если вы работаете в UNIX (включая Mac OSX), вы можете написать что-то вроде
tar cvzf allfolders.tgz ./allfolders
split allfolders.tgz -b 700m
Это создаст (сжатый) архив всех папок, а затем разделит его на куски размером 700 МБ. Однако вам нужно будет рекомбинировать все фрагменты, а затем снова извлечь их, используя tar, когда вы хотите восстановить исходный набор папок.
Если вы хотите сохранить их как отдельные папки ОС на компакт-диске, это довольно сложно (на самом деле я думаю, что это своего рода проблема с рюкзаком, которая является NP-трудной).