Этот недавний поток на mysql.com обсуждает это.
По сути, вы должны настроить сервер для ведения двоичного журналирования и установить порог для каждого журнала равным приращению размера, которое вы предпочитаете для резервного копирования. Затем просто загрузите полную резервную копию один раз и начните двоичное ведение журнала с этого момента. Затем просто загрузите каждый журнал, как только он будет закрыт, и откроется новый.
Это сложнее, но я думаю, что это поможет вам начать.