Вы всегда можете просто признать поражение и запустить сеанс emacs с повышенными привилегиями.
Есть множество способов сделать это, и эта страница перечисляет их, в том числе автоматически запускает их как администратор.
Это, вероятно, не совсем то, что вы хотите. В противном случае вы можете создать скрипт, который получает имя файла в качестве первого аргумента, а затем просто связать эту программу с ярлыком или чем-то вроде, например, admin-save.
Если вы даете этому администратору права, а затем вызываете файл с именем буфера в качестве первого аргумента и его назначением в качестве второго, у вас все будет хорошо.
Сценарий может быть простым BAT-файлом, что-то типа ала (я не на Windows-коробке, поэтому не могу проверить его сам)
:: Administrator-copy.bat copies a file with adminstrator privileges.
:: Remember to give it administrator privileges!
: START
COPY %1 %2
: END
Но это довольно неуклюжее решение.
Как поднять уже запущенное приложение, я не знаю.