[Я являюсь текущим сопровождающим SxS в Microsoft]
Хорошее расследование Иган. Вы описываете поведение в Vista, а не в XP SP3.
Проверка наличия манифеста при каждом запуске приложения будет проблемой производительности, поскольку обычно приложения либо имеют манифест, либо его нет, и это состояние не сильно меняется. По этой причине в Vista при первом запуске приложения мы кэшируем немного, описывая «это приложение имеет связанный манифест» или «это приложение не имеет манифеста». Когда вы запустили graphedt.exe в первый раз, Windows кэшировала отсутствие манифеста и впоследствии не будет искать его. Чтобы сбросить кэш, обновите время последнего изменения исполняемого файла.