Я думаю, что основная причина в том, что многие CMS выросли из первоначальной небольшой реализации вместо того, чтобы быть спроектированными с самого начала, чтобы иметь возможность быть большими.
Небольшие реализации удобны и просты в PHP и других скриптовых языках, и вы можете вырастить их довольно большими, но если вы заранее знаете, что хотите чего-то большого, вы сделаете это частью исходной спецификации.
В наши дни большинство людей сходятся во мнении, что вам нужна мощная, быстрая и масштабируемая система времени выполнения, где основными претендентами в наши дни являются JVM и среда выполнения .NET.
Когда вы приняли такое решение, PHP не является непосредственным, интуитивно понятным выбором для большой масштабируемой системы.