Предполагая, что "image_dir" - это имя каталога, следующий код показывает, как определить, какие элементы являются каталогами, а какие файлы, и как получить их имена. Как только вы доберетесь до этого, создать список только каталогов или только файлов просто.
dirnames = dir(image_dir);
for(i = 1:length(dirnames))
if(dirnames(i).isdir == true)
% It's a subdirectory
% The name of the subdirectory can be accessed as dirnames(i).name
% Note that both '.' and '..' are subdirectories of any directory and
% should be ignored
else
% It's a filename
% The filename is dirnames(i).name
end
end