Используете ли вы интерфейс AT-команды?
Стандартной команде AT + CMGL (перечислить все сообщения) можно присвоить параметр со статусом, 0 - это REC UNREAD, поэтому AT + CMGL = 0 должно дать вамтолько сообщения REC UNREAD.
Обратите внимание, что перечисление или чтение сообщения REC UNREAD приводит к тому, что оно становится REC READ.