Это происходит потому, что два разных файла с одним и тем же именем будут перемещены в одно и то же место только одной командой. Параметр -f не поможет в этом случае, он применяется только тогда, когда уже есть целевой файл, который будет перезаписан при запуске команды mv. Происходит следующее: один из файлов (первый встреченный), созданный mv, перемещается, и он отказывается перемещать второй (который может перезаписать другой файл из-за риска хранения пользовательских данных). Это также объясняет, что если у вас есть только два файла с одинаковыми именами, предупреждение исчезнет при втором запуске команды.
Однако, если в вашем дереве каталогов много файлов с одинаковыми именами, предупреждение может остаться там для многих запусков.
Если вы знаете, что делаете, способ избежать этого предупреждения - добавить опцию --backup=numbered
к mv. Целевые файлы не будут перезаписаны, но файлы резервных копий будут созданы при любом столкновении. Если идея состоит в том, чтобы удалить их, это можно легко сделать позже, используя rm *~
.