Ваш код ожидает, что каждая строка в файле содержит три слова, разделенных пробелом.Таким образом, ваш файл должен выглядеть следующим образом:
1 a 0
2 b 0
ArrayIndexOutOfBoundsException
возникает, если в файле есть строка, в которой нет трех слов, разделенных пробелами.Например, в вашем файле может быть пустая строка.
Вы можете проверить это в своем коде так:
if ( st.length != 3) {
System.err.println("The line \"" + s + "\" does not have three space-separated words.");
}