Чтобы обновить панель обновления из JavaScript:
__doPostBack(updatePanelUniqueID,'');
Первый параметр - это уникальный идентификатор (не CientID) элемента UpdatePanel. 2-й параметр - это необязательные аргументы, которые вы можете передавать и которые будут доступны для кода вашего сервера. Оба хранятся в скрытых полях формы ASP.NET, вы можете получить к ним доступ в коде:
Request.Form["__EVENTTARGET"];
Request.Form["__EVENTARGUMENT"];
Но если вы просто хотите обновить панель и вам не нужно передавать какую-либо дополнительную информацию от клиента, вы можете игнорировать второй аргумент.
Если вы посмотрите на HTML, сгенерированный ASP.NET для асинхронного управления обратной передачей, вы увидите, что это именно так.