На самом деле используется логика: если файл существует, то IIS должен иметь возможность обслуживать его напрямую, а ASP.NET больше ничего не нужно делать. Если расширение файла .aspx, IIS передаст его обратно в ASP.NET и будет вызван GetFile.
Вы могли бы попробовать, чтобы asp.net обрабатывал все файлы .js или что-то в этом роде, но самое простое решение в этом случае, вероятно, заключается в добавлении маршрута, который соответствует URL-адресу файла и вызывает действие контроллера, которое отправляет файл.