xdg-mime - это «инструмент командной строки для запроса информации об обработке типов файлов и добавления описаний для новых типов файлов»
Это говорит о том, что вы загружаете файл (созданный с помощью PHP), сохраняете его на диск, а затем проверяете сохраненный файл с помощью инструмента.
У инструмента нет возможности узнать, что сказал HTTP-ответ. Он имеет доступ только к сохраненному файлу.
Хотя Content-Type говорит «Это файл PDF», он не превращает файл в PDF и не меняет возможности инструментов, которые не проверяют заголовок HTTP, чтобы определить тип файла.