Нет способа создать сборку со встроенным скриптом.
Я думаю, что флаг / assembly может быть остатком, или он предназначен прежде всего для того, чтобы компилятор script # знал, где существует сборка, созданная из того же кода, что и компилятор c #.
Если вы хотите встроить сценарий в эту сборку, вам потребуется выполнить два прохода сборки c # - на этапе 1, есть сценарий-заполнитель, а затем на этапе 2 - реальный сгенерированный сценарий.
В качестве альтернативы я могу подумать о некоторых подходах, включающих ildasm, добавить ссылку на ресурс скрипта и затем ilasm'ing, чтобы получить новую сборку.
Какой у вас сценарий? Я любопытный. Я обсуждал вопрос о том, стоит ли поддерживать двухпроходную сборку из коробки ... но так и не удосужился обойтись, поскольку встраивание скрипта было приятным делом.