pdf2swf использует «xpdf» для обработки файлов PDF.
Вы можете попробовать ImageMagic, он использует другую библиотеку (gscript) для обработки файлов PDF.Вам придется конвертировать в какой-то промежуточный формат (например, JPG / SVG) и использовать другой инструмент для создания SWF.