Лично я бы включил всю папку с пакетами.Нет ничего хуже, чем получить проект с открытым исходным кодом, а затем выследить dll, необходимые для его запуска.
Вы можете просто включить файлы .nupkg и заставить пользователя запустить пакет обновления, но тогда вы предполагаете,они установили nuget и запустили его.
Я думаю, что гораздо быстрее начать работать с проектом с открытым исходным кодом - все с самого начала.