Если ваши исходные проекты не компилируются в пользовательские папки, код будет располагаться там, где источник был перетащен в окно сборки.Как сказал Бенджамин, это будет рабочий каталог, указанный в задаче msbuild.
Если вы не указали рабочий каталог, я считаю, что CruiseControl.net помещает код в:
C: \ ProgramФайлы \ CruiseControl.NET \ server \ [ Имя проекта ] \ WorkingDirectory