Rsync - лучший способ
rsync -va ~/from/ ~/to
обратите внимание, что конечный / on 'from' важен!
v - подробный режим - оставьте его включенным, пока он не заработает, a - архив = скопируйте всеИнформация о файле.
Или вы можете просто использовать флаг -u (update), чтобы cp = копировать только новые файлы.