Если вы уверены, что код не используется, обязательно удалите его. Я предполагаю, что у вас есть система контроля версий, поэтому, если она вам когда-нибудь понадобится, вы все равно сможете найти код обратно.
Удаление неиспользуемого кода облегчит обслуживание проекта, и ваша команда, вероятно, в конечном итоге сэкономит время (никто не перечитает код, чтобы попытаться понять, для чего он использовался, никто не будет в итоге изменяя указанный код, думая, что он все еще может быть использован ...)
Однако, если ваш код содержит общедоступный API-интерфейс, который распространяется, вы, вероятно, захотите пометить классы / методы как устаревшие на некоторое время перед эффективным удалением кода, чтобы у вызывающих абонентов было время для адаптации (или для информирования вас выпуск).