Разница та же, что и при установке модуля perl из CPAN или пакета debian (или другой ОС).Это больше вопрос предпочтений, или у кого самая актуальная версия.
В общем, я предпочитаю устанавливать свои модули perl через CPAN, а мои модули php через PECL, а не ОС.