Решить эту проблему непросто, но я думаю это возможно, если разместить веб-страницу в браузере, встроенном в приложение .NET. Эта статья-код проекта может помочь
Также эта статья немного говорит о доступе к DOM через приложение C #.
Есть ли у вас какие-либо требования к языку? И можете ли вы добавить немного больше информации о том, чего именно вы пытаетесь достичь?
РЕДАКТИРОВАТЬ 1: Watij - это среда тестирования веб-приложений для Java. Вы можете использовать его, чтобы заполнять текстовые поля, нажимать кнопки и т. Д. Я думаю, что он может соответствовать вашим потребностям, а если нет, то он с открытым исходным кодом, так что вы можете взломать его для работы. Существует целое семейство продуктов Wati * - Watin для .NET, Watir для Ruby и т. Д.