Вы уверены, что они включены в компиляцию действий, а не только в содержимое действий?
CSharp и VB используют два разных файла целей MSBuild, и я никогда не слышал о том, чтобы смешивать их в одном файле проекта. Разные типы проектов в одном и том же решении - конечно, но не то, что я думаю, вы говорите.
Конечно, это странный мир, так что, может быть, кто-нибудь придет и удивит меня чем-то, что я никогда не считал возможным вне ILMerge после сборки.